Am 26.06.2006 vergab das tschechische Verteidigungsministerium einen Auftrag an Aero Vodochody vier einsitzige L-159A ALCA in zweisitzige Maschinen umzubauen. Diese tragen die Bezeichnung L-159T1. Bereits zwei Tage später traf die erste Maschine (6069) beim Hersteller ein und die Arbeiten konnten beginnen. Die Frontpartie wurde ausgetauscht und die Panzerung entfernt. Erstflug war am 08.03.2007. Eingesetzt wird die L-159T1 als Trainer, vor allem für die Ausbildungsbereiche die im Simulator nur unzureichend dargestellt werden können. Insgesamt vier von 24 Maschinen in Čáslav stationierten Maschinen werden umgebaut. Die anderen drei sind die 6067, 6071 und 6072. Mitgeliefert werden Ersatzteil, Bodengeräte, Dokumentationen und Techniker und Piloten werden von Aero Vodochody geschult. Während eines Tages der offenen Tür in Čáslav wurde die T1 erstmals öffentlich ausgestellt. Die restlichen Maschinen sollen noch bis Ende 2007 ausgeliefert werden.
10.000 Flugstunde auf der L-159